Сегментация ячейки EBImage, многоугольник сегментации сохранен в пространственные многоугольники

Question

Поэтому я пытаюсь соединить вывод EBImage в пакет 'sp', чтобы создать файл пользовательской фигуры (или объект SpatialPolygonDataFrame).Используя демонстрационный пример из EBImage для сегментации ячеек, я пытаюсь вывести полигональную сегментацию в SpatialPolygonDataFrame.

Сложность в том, что EBImage создает для меня многоугольник и сохраняет его в большом массиве.Как я могу использовать эту многоугольную информацию / сегментацию и создать «SpatialPolygonDataFrame», используя данные этого примера?

Сегментация EBImage имеет массив RGB 510X510 для 4 изображений.Сегментация создает желаемую полигональную границу.Можно ли использовать эту многоугольную границу в качестве файла формы для пространственного анализа в пакете 'sp'?

nuc = readImage(system.file('images', 'nuclei.tif', 
package='EBImage'))
cel = readImage(system.file('images', 'cells.tif', 
package='EBImage'))
cells = rgbImage(green=1.5*cel, blue=nuc)
display(cells, all = TRUE)
 nmask = thresh(nuc, w=10, h=10, offset=0.05)
nmask = opening(nmask, makeBrush(5, shape='disc'))
nmask = fillHull(nmask)
nmask = bwlabel(nmask)
display(nmask, all=TRUE)
ctmask = opening(cel>0.1, makeBrush(5, shape='disc'))
cmask = propagate(cel, seeds=nmask, mask=ctmask)
display(ctmask, all=TRUE)
segmented = paintObjects(cmask, cells, col='#ff00ff')
segmented = paintObjects(nmask, segmented, col='#ffff00')
display(segmented, all=TRUE)

> segmented 
Image 
  colorMode    : Color 
  storage.mode : double 
  dim          : 510 510 3 4 
  frames.total : 12 
  frames.render: 4 
imageData(object)[1:5,1:6,1,1]
 [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,]    0    0    0    1    0    0
[2,]    0    0    0    1    0    0
[3,]    0    0    0    0    1    0
[4,]    0    0    0    0    0    1
[5,]    0    0    0    0    0    1

dim(imageData(segmented))
510 510   3   4