Очевидно, это не должно занять много времени. Однако здесь недостаточно информации, чтобы понять, почему именно. Я могу сказать вам, однако, что вы должны сосредоточиться на иностранных ключах.
Это может замедлить работу, если налагает ограничения на другие, гораздо большие таблицы. Вы также можете узнать, что ваши тайм-ауты происходят из-за проверок целостности, которые предотвращают удаление (тогда возникает вопрос, почему вы не получаете исключения вместо тайм-аута).
Следующим моим шагом будет удаление внешних ключей, а затем проверка производительности. Затем добавляйте каждый из них по очереди и проверяйте производительность по ходу работы.
Другие операции (например, вставки, выборки, обновления) занимают много времени?