Если вам нужны запятые в качестве десятичного разделителя, вам нужно указать культуру;как это:
string result = string.Format(new System.Globalization.CultureInfo("es-ES"), "{0:#,##0.00}", inputValue);
Я полагаю, что культура Испании (испанский язык), поэтому попробую с этим кодом.
См. работающий пример в этой скрипке .