Я обнаружил, что (как и предлагалось в других публикациях) создание подзапроса решило проблему:
JPQLQuery<Tuple> where = JPAExpressions.select().from(QSub.sub).where(QSub.sub.id.eq(QMain.main.id), QSub.sub.selected.isTrue(), QSub.sub.userId.eq(user.getId()));
«Где» может быть добавлено в логический компоновщик в качестве условия.