Проще всего было бы запустить JSON через Джексон :
public static String removeComments(String json) throws IOException {
ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
mapper.enable(JsonParser.Feature.ALLOW_COMMENTS);
return mapper.writeValueAsString(mapper.readTree(json));
}
Если вы хотите стать более любопытным, вы можете использовать потоковый API Джексона, чтобы избежать буферизации документа в памяти,но если ваши документы не являются большими или производительность не является абсолютно критичной, это, вероятно, излишне.