Похоже, в вашей сетке есть лица, где он должен быть зеркальным.Удалите их, у вас не должно быть граней внутри такой сетки.
Затем несколько вещей: не применяйте ваши модификаторы, если в этом нет необходимости.Модификаторы сделаны неразрушающими, редактируемыми, сменными.Если вы примените свои модификаторы, вы потеряете все это, потеряв гибкость, производительность, ...
В вашем модификаторе зеркала вы можете захотеть включить Слияние и Отсечение ,Слияние позволит модификатору объединить перекрывающиеся вершины в одну, а отсечение «заблокирует» ваши вершины от прохождения плоскости отражения.Затем вам может понадобиться настроить вашу сетку.Модификатор зеркала использует происхождение объекта, чтобы определить, где он работает.Если ваша сетка не правильно расположена от источника вашего объекта, вам нужно ее отрегулировать.
О черных гранях, это потому, что их нормали инвертированы.Просто выберите их в режиме редактирования и нажмите Ctrl N , чтобы пересчитать нормали.Вам может понадобиться инвертировать результат (с помощью флажка инвертирования на левой панели или в меню F6 ).