Я до сих пор не понимаю, почему вы конвертируете в RGBA, если вы хотите RGB, но этот код конвертирует ваше изображение в RGB, когда вы спрашиваете:
#!/usr/local/bin/python3
import numpy as np
from PIL import Image
# Open input image
im = Image.open('text.png').convert('RGB')
# Invert
npim = 255 - np.array(im)
# Save
Image.fromarray(npim).save('result.png')