Я предполагаю, что вы работаете с "Smart Device CAB Project"? Я не думаю, что этот проект правильно создает ярлыки для Windows CE 4.2. Я думаю, что вы можете скачать SDK от Microsoft, который после установки покажет вам что-то вроде "Windows CE CAB Project" в качестве опции проекта.
Думаю, вы можете сделать это вручную. Ярлык Windows CE - это файл с расширением * .lnk, поэтому, если вам нужен ярлык с меткой «Мое приложение», создайте на вашем компьютере текстовый файл с именем «My Application.lnk». Содержимое файла должно быть:
46 # \ Program Files \ My
Application \ MyApplication.exe (# должен содержать полный путь)
или любой полный путь, который ваше приложение имеет на устройстве Windows CE.
В вашем CAB-проекте продолжите добавление папки «Windows», а затем папки «Desktop», как и раньше. В папке «Рабочий стол» щелкните правой кнопкой мыши и добавьте созданный вами файл LNK. Возможно, вам придется выполнить программный сброс устройства, чтобы ярлык отображался после установки.