Эта проблема часто встречается при переполнении стека.В основном: месяц + год - это не дата - вам тоже нужен день.
Обычные решения: (1) использование zoo::as.yearmon
для создания объекта "год-месяц":
library(zoo)
as.yearmon("Nov 2016", "%b %Y")
или (2) используйте первое число месяца как произвольный день для создания даты:
as.Date(paste("01", "Nov 2016"), "%d %b %Y")