Разве вы не можете просто использовать sort()
?
set.seed(1)
x <- rnorm(10)
sort(abs(x-0))[1:2]
#> [1] 0.1836433 0.3053884
Создано в 2019-01-28 пакетом prex (v0.2.1)
Я также не думаю, что -0
сделает что-то для вас, поэтому мог бы просто сделать abs(x)
.