У вас есть 2 разных файла, которые загружены с одним и тем же именем.
Чтобы определить, является ли это проблемой на самом деле с вашим развертыванием или с промежуточным хранилищем, создайте новое чистое ведро и повторите попытку развертывания, используяэтот новый контейнер в качестве промежуточного:
$ gsutil mb gs://new-staging-bucket
$ gcloud app deploy --bucket gs://new-staging-bucket
Если вы получаете ту же ошибку с чистым контейнером, то вы каким-то образом загружаете несколько разных файлов с одним и тем же именем во время развертывания.
Если использование чистого контейнера работает, проблема заключается в промежуточном контейнере, который вы используете во время развертывания.