Это похоже на работу:
сделать w глобальной переменной. При щелчке по всплывающей ссылке проверьте, существует ли w, и если он существует, закройте его и откройте другое всплывающее окно ...
<script type="text/javascript">
var w;
function openPopup(purl)
{
wndAttr = "width=500,height=400,left=100,top=100";
if(w)
{
w.close();
}
w = window.open(purl, 'popup_test', wndAttr);
w.focus();
}
</script>