Записать вложенную сеть в файл (например, gml, graphml или nnf), используя networkx - PullRequest
Новая
       53

Записать вложенную сеть в файл (например, gml, graphml или nnf), используя networkx

0 голосов
/ 20 сентября 2018

Я сейчас пытаюсь построить блочную модель, используя пакет python networkx.Я обнаружил, что для этой работы можно использовать функцию networkx.quotient_graph: 

g_block = nx.quotient_graph(G=g, partition=node_list, relabel=True)

На следующем шаге я хочу экспортировать сгенерированный граф блоков "g_block" в файл, чтобы затем импортировать его в визуализацииинструмент, который поддерживает, например, graphml-файлы. 

nx.write_graphml(g_block, 'test_block.graphml')

Однако это приводит к ошибке:

{KeyError} класс 'networkx.classes.graphviews.SubDiGraph'

Может ли кто-нибудь помочь?

1 Ответ

0 голосов
/ 21 сентября 2018

В настоящее время networkx (версия 2.2) не поддерживает вложенные графики, поэтому их легко экспортировать и визуализировать.Попробуйте использовать graphviz для обработки вложенного графика и экспортировать его в формат dot .

Для работы с networkx версиейgraph, вы можете преобразовать pygraphviz в networkx граф и наоборот, сохранив свойство 'graph' для узлов (которое семантически является подграфом), аналогично результату quotient_graph.

Вот пример преобразования небольшого networkx графика в pygraphviz с подграфами и его экспорта в виде dot файла: 

import networkx as nx
import pygraphviz as pgv

G = nx.erdos_renyi_graph(6, 0.5, directed=False)
node_list = [set([0, 1, 2, 3]), set([4, 5])]
pgv_G = pgv.AGraph(directed=True)
pgv_G.add_edges_from(G.edges())
for i, sub_graph in enumerate(node_list):
    pgv_G.add_subgraph(sub_graph, name=str(i))

print(pgv_G)
pgv_G.write("test_pgv.dot")

Обратите внимание, что netwrokx также позволяет писать и читать 'точку'формат (см. пример ), однако, поскольку нет встроенной поддержки для вложенных графиков, это не слишком полезно для этой цели.

Причина, по которой вы не можете написатьquotient_graph имеет два значения:

  1. В quotient_graph каждый узел имеет свойство 'graph', которое имеет значение SubDiGraph (или SubGraph, если исходный граф не является ненаправленным).SubDiGraph - это ReadOnlyGraph, что означает, что его невозможно записать с использованием стандартных утилит networkx.readwrite.
  2. Даже если мы конвертируем SubDiGraph в DiGraph, не каждый файл графикаФормат позволяет закодировать свойство 'graph'.Например, формат graphml поддерживает примитивные свойства, такие как логические значения, целые числа и т. Д. Подробнее здесь .

Одно из работающих решений - решить первую проблему путем переопределения «графа».собственность с DiGraph копией оригинала SubDiGraph.Вторая проблема может быть просто решена с помощью другого формата файла (например, формат pickle может работать).Читайте обо всех поддерживаемых форматах здесь .

Ниже приведен рабочий пример: 

g_block = nx.quotient_graph(G=G, partition=node_list, relabel=True)

def subdigraph_to_digraph(subdigraph):
    G = nx.DiGraph()
    G.add_nodes_from(subdigraph.nodes())
    G.add_edges_from(subdigraph.edges())
    return G

for node in g_block:
    g_block.nodes[node]['graph'] = subdigraph_to_digraph(g_block.nodes[node]['graph'])

nx.write_gpickle(g_block, "test_block.pickle")

Это позволяет записывать и загружать вложенный график для использования с netwrokx, однако для целей использования экспортированного файла в инструменте визуализации это не слишком полезно.

...