Алгоритмы макета не устанавливают атрибуты узла (но они должны).Вот как установить атрибуты:
In [1]: import networkx as nx
In [2]: G=nx.path_graph(4)
In [3]: pos=nx.spring_layout(G)
In [4]: nx.set_node_attributes(G,'pos',pos)
In [5]: G.node
Out[5]:
{0: {'pos': array([ 0., 0.])},
1: {'pos': array([ 0.32267963, 0.03340727])},
2: {'pos': array([ 0.67729057, 0.07011044])},
3: {'pos': array([ 1. , 0.10350174])}}