libvips извлекает область NDPI из Ex40, а не из карты - PullRequest
Новая
       80

libvips извлекает область NDPI из Ex40, а не из карты

0 голосов
/ 22 ноября 2018

Я использую libvips для получения пирамид изображений .ndpi.

через этот ответ и ищу в документации Я нашел эту команду 

vips extract_area myimage.ndpi[level=0] mypyramid.dz 0 0 10000 10000

Извлекает кадрирование, начиная с 0 0 и размером 10000 10000, в файл dzi.

Параметр level - это увеличение, 0 - самое высокое.

Проблема заключается в том, чтоВнутри ndpi есть следующие изображения:

  • myimage_macro.tif
  • myimage_map.tif
  • myimage_x0.15625_z0.tif
  • myimage_x0.625_z0.tif
  • myimage_x10_z0.tif
  • myimage_x2.5_z0.tif
  • myimage_x40_z0.tif

И vips принимает myimage_macro.tif, пока мне нужно myimage_x40_z0.tif

Должен быть параметр, подобный уровню, чтобы выбрать, какое из изображений внутри OpenSlide (ndpi) я хочу.

Некоторые люди спрашивают.Почему бы не извлечь tif, а затем запустить vips?

Ну, потому что vips говорит мне следующее: 

openslide2vips: opening slide: No such value: directory 0, tag 278

Что означает, что использование ndpisplit для извлечения tif каким-то образомне сохранять метаданные, чтобы позволить vips распознавать изображение

Так что я в некоторой неприятной ситуации.У меня есть огромные изображения, и мне нужно извлечь немного менее внушительный кусок, а затем получить его пирамиду.

Пожалуйста, помогите мне, сейчас я в основном кодирую все это сам, и это работает, но это ОЧЕНЬ медленно.

1 Ответ

0 голосов
/ 22 ноября 2018

Я написал это как ответ, хотя на самом деле это не ответ.Это казалось слишком длинным, как просто комментарий.

Операция libvips openslideload позволяет вам выбрать соответствующее изображение для загрузки.Вы можете получить список связанных изображений из тега метаданных slide-associated-images.Например: 

$ vipsheader -f slide-associated-images 2013_09_20_29.ndpi 
macro
$ vipsheader -f slide-associated-images CMU-1.svs
label, macro, thumbnail

Затем вы можете выбрать связанное изображение, возможно, с: 

$ vips crop CMU-1.svs[associated=label] x.jpg 10 10 100 100

Чтобы получить небольшую часть метки.

Итак ...проверьте, какие связанные изображения открывают отчеты о слайдах для вашего слайдаЕсли вы можете получить тот, который вам нужен, выберите его с параметром associated.Если нужного вам изображения нет в списке, я бы связался с проектом openslide, так как им потребуется добавить поддержку.

Вы также можете проверить инструменты командной строки openslide, возможно, они предложат больше вариантов.

...