Doxygen - генератор документации;его работа - переходить от кода к документации.Как таковой, он не имеет функциональности для изменения этого процесса.Тем более что сгенерированный HTML может меняться от версии к версии.
Преобразование документации также является процессом с потерями.Если вы не вывели весь свой исходный код в документацию, вы не сможете восстановить все.Лучшее, что вы можете сделать, - это перестроить большинство аспектов некоторых заголовков, но даже тогда все, что не документировано (например, файлы заголовков и т. Д.), Не будет в HTML.