Хотя примеры данных не приводятся, вот два исправления, которые могут работать
library(sjPlot)
library(sjmisc)
set_theme(base = theme_classic(), axis.title.size = 0, geom.label.size = 4.5,
axis.textsize.x = 1.1, axis.textsize.y = 1.1 )
sjp.frq(base$x, type = c("bar"), sort.frq = c("desc"), geom.colors = "grey",coord.flip =TRUE) #Flip the corrdinate and check if that avoids the overlap.
Если приведенное выше не работает, попробуйте установить аргумент axis.angle.x следующим образом
library(sjPlot)
library(sjmisc)
set_theme(base = theme_classic(), axis.title.size = 0, geom.label.size = 4.5,
axis.textsize.x = 1.1, axis.textsize.y = 1.1,axis.angle.x = 45 )#this should slant the text to avoid the overlap
sjp.frq(base$x, type = c("bar"), sort.frq = c("desc"), geom.colors = "grey")