Что это за проекты, и будете ли вы использовать их как возможность изменить версию используемой платформы или какие-либо другие сведения о том, как они настроены? Мне пришлось перенести несколько проектов ASP.Net 2.0 с 2005 на 2008 год и .Net 3.5, и я обнаружил, что иногда возникают некоторые проблемы. Это было более года назад, поэтому я не могу точно вспомнить детали (и, возможно, они могли быть изменены с веб-сайта на типы веб-приложений), но я считаю, что это было связано с тем, что папка App_Code больше не была требуется и вызывает ошибки компиляции. Все довольно легко исправить, но немного сложнее, чем просто открыть решение в новом приложении.
Лучшей отправной точкой, вероятно, будет взять копию одного из решений и попробовать его, посмотреть, что происходит с вашей структурой кода:)