Да, вы можете добавить запись в ключ Выполнить в реестре:
WriteRegStr HKLM "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run" "MyAppName" '"$InstDir\MyApp.exe"'
Примечание. В диспетчере задач Windows есть вкладка для отключения элементов автозагрузки, поэтому добавьте ее вреестр вместо папки автозагрузки больше не «скрывает» от пользователя.