MySQL Workbench - это (толстое) приложение с графическим интерфейсом, не предназначенное для управления скриптами или подобными программами.Я предполагаю, что это то, что вы подразумеваете под «программно называть это».
Проблема сравнения моделей совершенно другая.Файл модели (.mwb) по сути является файлом .zip.Переименуйте его, и вы можете разархивировать его.Он содержит XML-файл с фактической моделью и некоторыми дополнительными данными (изображения, база данных sqlite для вставки таблиц и т. Д.).Плохая новость заключается в том, что xml напрямую не сопоставим, поскольку содержит ссылки на память в виде уникальных идентификаторов (которые, конечно, меняются при сохранении модели).Если вы можете игнорировать эти ссылки, вы сможете различать модели.