Визуализация переменных ответа в иерархической кластеризации дендрограммы - PullRequest
Новая
       22

Визуализация переменных ответа в иерархической кластеризации дендрограммы

0 голосов
/ 31 января 2019

Я хотел бы представить на графике дендрограммы иерархической кластеризации переменные ответа "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length" и "Petal.Width" без успеха.Я делаю: 

#Example with iris data set
library(vegan)
data(iris)
names(iris)
# [1] "Sepal.Length" "Sepal.Width"  "Petal.Length" "Petal.Width"  "Species"  

y <- as.matrix(iris[,-5])[6*(1:25),]   # subsample to make the graphs
rownames(y) <- iris$Species[6*(1:25)]  # pretty

#Calculate distance matrix using Bray
comm.pat.dist <- vegdist(y, method = "bray")

#Create a cluter using hclust 
comm.bc.clust <- hclust(comm.pat.dist, method = "ward.D2")

# Plot cluster 
hpat <- as.dendrogram(comm.bc.clust)
nodePar <- list(lab.cex = 0.6, pch = c(NA, 19), 
                cex = 0.7, col = "blue")
plot(hpat, ylab = "Bray dissimilarity", 
nodePar = nodePar, cex=0.75, edgePar = list(col = 2:3, lwd = 2:1), horiz = TRUE)
#

Dedrogarm plot

И теперь я не знаю, какие изменения в коде для представления в узлах дендрограммы переменных "Sepal.Length "," Sepal.Width "," Petal.Length "и" Petal.Width ".Любой участник может мне помочь?Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 31 января 2019

Вы не можете представлять переменные.У вас была матрица различий для наблюдений (а Брей-Кертис - неадекватная мера различий), и вся информация об исходных переменных будет потеряна из-за различий.

...