Я столкнулся с какой-то проблемой, пытаясь заставить работать NMDS-plot в Vegan package. Я получаю это сообщение:
Ошибка в stressplot.default (df): можно использовать только с объектами, совместимыми с результатами MASS :: isoMDS
Результат выглядит очень странно для меня; что может вызвать эту проблему?
library(vegan)
df <- matrix(c(0, 1, 0, 148, 190, 134, 186, 17, 9, 0, 9, 0, 0, 0, 1, 34, 115, 41, 9, 1, 1, 2, 0, 1,1, 0, 0, 29, 73, 18, 4, 3, 1, 0, 2, 0),ncol=12,byrow=TRUE)
colnames(df) <- c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5", "sp6", "sp7", "sp8", "sp9", "sp10", "sp11", "sp12")
rownames(df) <- c("site1","site2","site3")
df_NMDS <- metaMDS(df, distance = "bray", autotransform = FALSE)
plot(df)
stressplot(df)