Правильно ли я использую dbRDA с упорядоченными переменными? Что означают стрелки * .L и * .Q на выходе? - PullRequest
Новая
       39

Правильно ли я использую dbRDA с упорядоченными переменными? Что означают стрелки * .L и * .Q на выходе?

0 голосов
/ 11 июля 2020

Когда я применяю dbRDA к матрице расстояний (в данном случае расстояние Брея-Кертиса) следующим образом: 

dbrda(sqrt(dist) ~ ., site_vars)

можно ли включить столбец упорядоченных коэффициентов в переменную site_vars , что представляет собой фрейм данных со значениями, измеренными в местах отбора проб, например, средняя температура, но который также включает столбец «почва», в котором упорядочены различные типы почв? Или необходимо добавить все порядковые и номинальные масштабированные переменные в отдельный Condition аргумент формулы?

Вот небольшой пример: 

data <- rbind(
  c(1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0),
  c(1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0),
  c(0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0),
  c(1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0),
  c(0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1)
)
rownames(data) <- c("Site_1", "Site_2", "Site_3", "Site_4", "Site_5")
colnames(data) <- c("Spec_1", "Spec_2", "Spec_3", "Spec_4", "Spec_5", "Spec_6", "Spec_7", "Spec_8", "Spec_9", "Spec_10")
dist <- vegdist(data, "bray")

site_vars <- data.frame(
  Tmean = c(9, 10, 12, 14.5, 14),
  SomethingElse = c(12, 14, 13, 16, 21),
  Soil = c("good", "good", "OK", "OK", "bad")
)
site_vars$Soil <- ordered(site_vars$Soil, levels = c("good", "OK", "bad"))
# Version 1
dbRDA_Condition <- dbrda(sqrt(dist) ~ Tmean + SomethingElse + Condition(Soil), site_vars)
plot(dbRDA_Condition)

# Version 2
dbRDA <- dbrda(sqrt(dist) ~ Tmean + SomethingElse + Soil, site_vars)
plot(dbRDA)

Версия 1, кажется, игнорирует факт, что моя почвенная переменная ранжируется. Версия 2 генерирует результат, который мне немного сложно интерпретировать, потому что помимо центроидов групп он также отображает стрелки. Я ожидал бы 1 стрелку для почвы, как если бы это была числовая переменная с числами 1, 2 и 3 вместо трех уровней. Однако он показывает две стрелки, помеченные как Soil.L и Soil.Q. Почему две стрелки для одной переменной? А что обозначают * .L и * .Q? К сожалению, никаких объяснений не нашел.

...