Большой набор экологических данных, metaMDS не сойдется - PullRequest
Новая
       45

Большой набор экологических данных, metaMDS не сойдется

1 голос
/ 18 июня 2020
• 1000 что я делаю, я не могу заставить metaMDS сходиться. Данные содержат 76 видов, 5773 строки, которые я сократил до наиболее распространенных видов и разбил по десятилетиям, так что каждая матрица сообществ состоит из 52 видов и примерно 1100 строк. Чтобы решить проблему строк, в которых все нули, я добавил фальшивый вид «NoFi sh», который «ловится» только тогда, когда улов для всех других видов равен нулю.

Я чувствую, что он должен сходиться, но этого не происходит. У меня много данных, значения напряжения выглядят разумными (0,2 для k = 2 и 0,16 для k = 3), я увеличил trymax до 200 и использовал previous.best. Я посмотрел в Интернете и добавил noshare, что, по крайней мере, помогло ему работать немного быстрее. На моем компьютере (Windows 10) на выполнение 200 итераций уходит больше часа, поэтому я не увеличивал больше trymax. Я посмотрел на результаты своих пробежек, и все выглядело явно неуместно. Я не получаю никаких предупреждений в конце, но я просмотрел сообщения sratmax и sfgrmin в Интернете. К сожалению, все результаты были для меня тупицей. 

stn <- read.csv("STN_CPUE_1970-2019.csv")
temp = temp[,colSums(temp)>100]#adjusted for CPUE, removes 24 of 76 species 
stn.reduced = cbind(stn[,1:12], temp)

stn70r = stn.reduced[1:1072,]
stn3.nMDS = metaMDS(stn70r[,13:64], k=3, trymax=200, noshare = 0.1, previous.best = stn3.nMDS)

ВЫХОД: 

Square root transformation
Wisconsin double standardization
Using step-across dissimilarities:
Too long or NA distances: 61161 out of 574056 (10.7%)
Stepping across 574056 dissimilarities...
Connectivity of distance matrix with threshold dissimilarity 1 
Data are connected
Starting from 3-dimensional configuration
Run 0 stress 0.1590091 
.
.
Run 103 stress 0.1585801 
... New best solution
... Procrustes: rmse 0.005185737  max resid 0.06388682 
.
.
Run 200 stress 0.1625358 
*** No convergence -- monoMDS stopping criteria:
    40: no. of iterations >= maxit
   156: stress ratio > sratmax
     4: scale factor of the gradient < sfgrmin

Примечания: Все прогоны имеют напряжение около 0,16. Когда он выдает результат прокруста, он аналогичен приведенному выше: среднеквадратичное значение 0,005–0,006 и максимальный остаток 0,06–0,07. Я запускал его несколько раз с одним и тем же результатом, и я получаю те же три сообщения, когда запускаю его без noshare и третьей оси: 

stn.nMDS = metaMDS(stn70r[,13:64], trymax = 200, previous.best = stn.nMDS)

Так что не уверен, что увеличение осей до трех и добавление noshare на самом деле Помогите. Любые советы высоко ценится. Спасибо!

...