Подгонка кривой для каждого столбца в Pandas + экстраполировать значения - PullRequest
Новая
       34

Подгонка кривой для каждого столбца в Pandas + экстраполировать значения

0 голосов
/ 22 сентября 2018

У меня есть набор данных с 300 столбцами, каждый из которых зависит от глубины.Упрощенная версия Pandas DataFrame будет выглядеть примерно так: 

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import pandas as pd
from scipy_optimize import curve_fit

df1 = pd.DataFrame({'depth': [1.65, 2.15, 2.65, 3.15, 3.65, 4.15, 4.65, 5.15, 5.65, 6.15, 6.65, 7.15, 7.65, 8.15, 8.65],
               '400.0': [13.909261, 7.758734, 3.513627, 2.095409, 1.628918, 0.782643, 0.278548, 0.160153, -0.155895, -0.152373, -0.147820, -0.023997, 0.010729, 0.006050, 0.002356],
               '401.0': [14.581624, 8.173803, 3.757856, 2.223524, 1.695623, 0.818065, 0.300235, 0.173674, -0.145402, -0.144456, -0.142969, -0.022471, 0.010802, 0.006181, 0.002641],
               '402.0': [15.253988, 8.588872, 4.002085, 2.351638, 1.762327, 0.853486, 0.321922, 0.187195, -0.134910, -0.136539, -0.138118, -0.020945, 0.010875, 0.006313, 0.002927],
               '403.0': [15.633908, 8.833914, 4.146499, 2.431543, 1.798185, 0.874350, 0.333470, 0.192128, -0.130119, -0.134795, -0.136049, -0.019307, 0.012037, 0.006674, 0.003002],
               '404.0': [15.991816, 9.066159, 4.283401, 2.507818, 1.831721, 0.894119, 0.344256, 0.196415, -0.125758, -0.133516  , -0.134189, -0.017659, -0.013281,0.007053, 0.003061],
               '405.0': [16.349725, 9.298403, 4.420303, 2.584094, 1.865257, 0.913887, 0.355041, 0.200702, -0.121396, -0.132237, -0.132330, -0.016012, 0.014525, 0.007433, 0.003120]
               })

Что мне нужно сделать, это оценить K в приведенном ниже уравнении.В основном каждый столбец соответствует профилю I (z) . I (0) должен быть рассчитан, для которого я использовал curve_fit, в качестве ссылки я использую этот полезный пост: https://stackoverflow.com/a/15369787/7541421

exponential_eq

x = df1.depth       # Column values as a function of depth
y = df1['400.0']

plt.plot(x, y, 'ro',label="Original Data")

def func(def func(x, I0, k):     # a = I0, b = k
    return I0 * np.exp(-k*x)    

popt, pcov = curve_fit(func, x, y)

print ("E0 = %s , k = %s" % (popt[0], popt[1]))

plt.plot(x, func(x, *popt), label="Fitted Curve")

enter image description here

Может ли это быть сделано для каждого столбца отдельно и каким-то образом сохранено как новый DataFrame ?

Кроме того, новый DataFrame должен распространяться до значений z=0 для определенных dz квот.В этом случае я пропускаю [0,15, 0,65, 1,15] в моем столбце depth.Поэтому для каждого z мне нужно получить для каждого столбца I(z) из функции.

Как я могу автоматизировать это, поскольку каждый набор данных имеет различный диапазон глубины в моем случае?

PS В качестве альтернативы, как это было первоначально обсуждено в этом посте, может быть применено логарифмическое соответствие линейной регрессии, решение которого записано в ответе ниже.

1 Ответ

0 голосов
/ 22 сентября 2018

Некоторые изменения были внесены после разговора с основным автором этого ответа и с его одобрения.

Прежде всего, поскольку мы имеем дело с величинами лог-преобразования, необходимо найти диапазонзначений, которые соответствуют неотрицательным значениям в каждом столбце. 

negative_idx_aux = df_drop_depth.apply(lambda x:(x<0).nonzero()[0][:1].tolist())   
negative_idx = [item for sublist in negative_idx_aux for item in sublist]

if len(negative_idx) > 0:
    max_idx = max_idx = np.min(negative_idx)
else:
    max_idx = None

По сравнению с оригиналом я объединяю только циклы, чтобы получить как наклон, так и перехват. 

iz_cols = df1.columns.difference(['depth'])
slp_int = {}
for c in iz_cols:
    slope, intercept, r_value, p_value, std_err = stats.linregress(df1['depth'][0:max_idx],np.log(df1[c][0:max_idx]))
    slp_int[c] = [intercept, slope]

slp_int = pd.DataFrame(, index = ['intercept', 'slope'])

Экспонирующий перехватдает нам значение I на поверхности: 

slp_int.loc['intercept'] = np.exp(slp_int.loc['intercept'])

Последняя часть поста была исправлена ​​из-за неправильного понимания окончательной концепции.Кадр данных теперь воссоздается с новыми значениями глубины поверхности (выше диапазона глубины df1, сохраняя df1 для значений ниже.

Сначала весь диапазон между z = 0 и максимальным значениемстолбец глубины воссоздается с присвоенным значением step плюс значение z = 0: 

depth = np.asarray(df1.depth)
depth_min = np.min(depth)    ;   
depth_min_arr = np.array([depth_min])
step = 0.5
missing_vals_aux = np.arange(depth_min - step, 0, -step)[::-1]
missing_vals = np.concatenate(([0.], missing_vals_aux), axis=0)
depth_tot = np.concatenate((missing_vals, depth), axis=0)

df_boundary = pd.DataFrame(columns = iz_cols) 
df_up = pd.DataFrame(columns = iz_cols)

Создание кадра данных с диапазоном распространяемых вверх квот на глубину: 

for c in iz_cols: 
    df_up[c]       = missing_vals

Заполните данные полученными в результате регрессии параметрами: 

upper_df = slp_int.loc['intercept']*np.exp(slp_int.loc['slope']*df_up)
upper_df['depth'] = missing_vals

Объедините df1 и upper_df для получения всего профиля: 

lower_df = df1
lower_df['depth'] = depth

df_profile_tot = upper_df.append(lower_df, ignore_index=True)
...