Функция карты - ваш друг:
open FILE, "data.txt";
while ($line = <FILE>) {
chomp($line);
push @data, [split /[, ]+/, $line];
}
close FILE;
@column1 = map {$$_[0]} @data;
print "@column1\n";
А в data.txt что-то вроде:
1, 2, 3, 4
5, 6, 7, 8
9, 10, 11, 12
13, 14, 15, 16