Sublime имеет разные цветовые схемы для разных языков.На первом изображении у вас есть HTML-разметка, а на втором - JavaScript.Нет ничего плохого ни в коде, ни в вашей настройке Sublime.
Хотя может возникнуть проблема, если файлы HTML и JS находятся в одной папке, вам не нужно ссылаться из Desktop/js/script.js
,Вы можете просто сослаться на script.js
в скрипте-теге.