MPI_TYPE_CREATE_STRUCT: неверный тип данных - PullRequest
Новая
       6

MPI_TYPE_CREATE_STRUCT: неверный тип данных

0 голосов
/ 31 января 2019

У меня есть подпрограмма как часть более крупной программы на Фортране, которая не запускается при вызове с помощью mpi на ноутбуке Mac.Программа скомпилирована с использованием mpifort и отлично работает в последовательном режиме.

Программа будет успешно работать при компиляции с mpifort на HEC - включенные файлы mpif.h для каждого указаны в верхней части кода ниже.

Я видел предыдущий пост( Неверный тип данных при запуске mpirun ), в котором обсуждается изменение количества блоков, чтобы обойти эту ошибку;однако это не объясняет, почему программа будет работать на другой архитектуре. 

subroutine Initialise_f(Nxi, XI, BBC, B, nprofile, &
 kTzprofile, kTpprofile, vzprofile, Nspecies, particle, &
 neighbourLeft, neighbourRight, comm1d)

  use SpecificTypes

  implicit none
  include '/opt/pgi/osx86-64/2017/mpi/mpich/include/mpif.h' !MPI for MAC
  !include '/usr/shared_apps/packages/openmpi-1.10.0-gcc/include/mpif.h' !MPI for HEC

  type maxvector
     double precision, allocatable :: maxf0(:)
  end type maxvector

  integer Nxi, Nspecies
  double precision XI(Nxi), BBC(2), B(Nxi), nprofile(Nxi,Nspecies), &
   kTzprofile(Nxi,Nspecies), kTpprofile(Nxi,Nspecies), &
   vzprofile(Nxi,Nspecies)
  type(species) particle(Nspecies)
  integer neighbourLeft, neighbourRight, comm1d

! Variables for use with mpi based communication
  integer (kind=MPI_ADDRESS_KIND) :: offsets(2)
  integer ierr, blockcounts(2), tag, oldtypes(2), &
   b_type_sendR, b_type_sendL, b_type_recvR, b_type_recvL, &
   istart, Nmess, rcount, fnodesize, fspecsize, maxf0size, &
   fspecshape(2), requestIndex, receiveLeftIndex, receiveRightIndex

! Allocate communication buffers if necessary
  fnodesize = sum( particle(:)%Nvz * particle(:)%Nmu )
  Nmess = 0
  if (neighbourLeft>-1) then
     Nmess = Nmess + 2
     allocate( send_left%ivzoffsets(Nspecies*2) )
     allocate( send_left%fs(fnodesize*2 ))
     allocate( receive_left%ivzoffsets(Nspecies*2) )
     allocate( receive_left%fs(fnodesize*2) )
     send_left%ivzoffsets = 0
     send_left%fs = 0.0d0
     receive_left%ivzoffsets = 0
     receive_left%fs = 0.0d0
  end if

! Build a few mpi data types for communication purposes
  oldtypes(1) = MPI_INTEGER
  blockcounts(1) = Nspecies*2
  oldtypes(2) = MPI_DOUBLE_PRECISION
  blockcounts(2) = fnodesize*2

  if (neighbourLeft>-1) then
     call MPI_GET_ADDRESS(receive_left%ivzoffsets, offsets(1), ierr)
     call MPI_GET_ADDRESS(receive_left%fs, offsets(2), ierr)
     offsets = offsets-offsets(1)
     call MPI_TYPE_CREATE_STRUCT(2,blockcounts,offsets,oldtypes,b_type_recvL,ierr)
     call MPI_TYPE_COMMIT(b_type_recvL, ierr)
     call MPI_GET_ADDRESS(send_left%ivzoffsets, offsets(1), ierr)
     call MPI_GET_ADDRESS(send_left%fs, offsets(2), ierr)
     offsets = offsets-offsets(1)
     call MPI_TYPE_CREATE_STRUCT(2,blockcounts,offsets,oldtypes,b_type_sendL,ierr)
     call MPI_TYPE_COMMIT(b_type_sendL, ierr)
  end if

Это приведет к следующей ошибке: 

[dyn-191-250:31563] *** An error occurred in MPI_Type_create_struct
[dyn-191-250:31563] *** reported by process [1687683073,0]
[dyn-191-250:31563] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[dyn-191-250:31563] *** MPI_ERR_TYPE: invalid datatype
[dyn-191-250:31563] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[dyn-191-250:31563] ***    and potentially your MPI job)

1 Ответ

0 голосов
/ 01 февраля 2019

На вашем Mac вы включаете mpif.h из MPICH, но сообщение об ошибке от Open MPI.

вам просто нужно include 'mpif.h' и использовать обертки MPI (например, mpifort) для созданияapplication.

Лучший вариант - use mpi, а еще лучше - use mpi_f08, если ваш MPI и компиляторы поддерживают его (обратите внимание, что последний вариант требует обновления вашего кода).

...