Entrez (biopython): как ограничить поиск термина определенным журналом?(PubMed) - PullRequest
Новая
       59

Entrez (biopython): как ограничить поиск термина определенным журналом?(PubMed)

0 голосов
/ 31 января 2019

Я хочу получить все статьи в определенном журнале, которые связаны с определенным термином / темой.

Я пытаюсь сделать это через PubMed, используя пакет Entrez, содержащийся в Biopython. Соответствующий расширенный поиск PubMed: (тема / термин) И «Название журнала» [Journal]

То, что я пробовал до сих пор, основано на коденаписанный Марко Бонзанини (страница GitHub, содержащая оригинальный код https://gist.github.com/bonzanini/5a4c39e4c02502a8451d).

from Bio import Entrez
def search(query):
    Entrez.email = 'example@mail.com'
    handle = Entrez.esearch(db='pubmed',
                        sort='relevance',
                        retmax='20',
                        retmode='xml',
                        term=query,
                        mindate= "2018/11",
                        maxdate= "2019/02")
     results = Entrez.read(handle)
     return results

 def fetch_details(id_list):
     ids = ','.join(id_list)
     Entrez.email = 'example@mail.com'
     handle = Entrez.efetch(db='pubmed',
                       retmode='xml',
                       id=ids)
    results = Entrez.read(handle)
    return results

if __name__ == '__main__':
    results = search('attention')
    id_list = results['IdList']
    papers = fetch_details(id_list)
    for i, paper in enumerate(papers['PubmedArticle']):
        print("%d) %s" % (i + 1, paper['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']))

1 Ответ

0 голосов
/ 04 марта 2019

Например, для поиска статей, появившихся в Журнале экспериментальной детской психологии, измените свою основную часть следующим образом: 

if __name__ == '__main__':
    results = search('attention')
    id_list = results['IdList']
    papers = fetch_details(id_list)
    i = 0
    for paper in papers['PubmedArticle']:
        if (paper['MedlineCitation']['Article']['Journal']['Title'] ==
            'Journal of experimental child psychology'):
            i += 1
            print("%d) %s" % (i, paper['MedlineCitation']['Article']
                              ['ArticleTitle']))
...