Traceback KeyError, когда Entrez увеличивает retmax - PullRequest
Новая
       62

Traceback KeyError, когда Entrez увеличивает retmax

0 голосов
/ 06 ноября 2018

Я пытаюсь собрать список опубликованных статей, используя biopython entrez. Я хочу собрать определенные части статьи в формате medline. Код, который я написал ниже, работает, если не установлен retmax. По умолчанию это 20 статей, однако я хочу собрать гораздо большее количество статей. Если я установлю retmax на большее число, я получу ошибку ниже. 

#!/usr/bin/env python
from Bio import Entrez, Medline

Entrez.email = "foobar@gmail.edu"    
handle = Entrez.esearch(db="pubmed",
                        term="stanford[Affiliation]", retmax=1000)
record = Entrez.read(handle)
pmid_list = record["IdList"]

more_data = Entrez.efetch(db="pubmed", id=",".join(pmid_list), rettype="medline", retmode="text")
all_records = Medline.parse(more_data)

record_list = []
for record in all_records:
    record_dict = {'ID': record['PMID'],
                    'Title': record['TI'],
                    'Publication Date': record['DP'],
                    'Author': record['AU'],
                    'Institute': record['AD']}
    record_list.append(record_dict)

Я тогда получаю ошибку 

Traceback (most recent call last):
  File "./pubmed_pull.py", line 42, in <module> 
    'Institute': record['AD']}
KeyError: 'AD'

Я не уверен, почему я получаю ошибку, если я увеличиваю количество статей.

1 Ответ

0 голосов
/ 06 ноября 2018

Вместо того, чтобы брать ключ с помощью dict[key], используйте dict.get(key). Это вернет None, если ключ не существует. 

for record in all_records:
    record_dict = {'ID': record.get('PMID'),
                    'Title': record.get('TI'),
                    'Publication Date': record.get('DP'),
                    'Author': record.get('AU'),
                    'Institute': record.get('AD')}

Дальнейшее чтение

...