Ошибка импорта с SeqIO из биопиона в Spyder - PullRequest
0 голосов
/ 09 октября 2019

Написав этот пост, я надеюсь, что смогу решить проблему, которая сводит меня с ума!

Я пытаюсь использовать Biopython, используя Spyder в качестве IDE. Я установил Biopython в Linux Mint с помощью conda, а также установил с помощью pip. Все вроде нормально, я пробовал в терминале и в Spyder и все работает. Однако, когда я пытаюсь использовать следующий порядок:

from Bio import SeqIO

Терминал Spyder дает мне следующий ответ:

Traceback (most recent call last):
  File "<ipython-input-2-5d24a7c49c42>", line 1, in <module>
    from Bio import SeqIO
  File "/home/andrea/Descargas/biopython-1.74/Bio/SeqIO/__init__.py", line 387, in <module>
    from Bio.Align import MultipleSeqAlignment
  File "/home/andrea/Descargas/biopython-1.74/Bio/Align/__init__.py", line 22, in <module>
    from Bio.Align import _aligners
ImportError: cannot import name '_aligners' from 'Bio.Align' (/home/andrea/Descargas/biopython-1.74/Bio/Align/__init__.py)* 

Я проверил, если в терминале, еслиэто работает, и точно, терминал не дает мне никакого сообщения об ошибке. Я проверил, является ли версия Python проблемой, но терминал и Spyder работают в той же версии Python (3.7). Я также проверил другие записи, такие как:

from Bio import Entrez

, и он работает в Spyder и в терминале

Кто-нибудь знает, что здесь происходит?

Спасибо большое !! :)

...