редактирование файла в python и создание нового - PullRequest
Новая
       94

редактирование файла в python и создание нового

0 голосов
/ 11 июня 2018

У меня большой текстовый файл (разделенный "|"), как в этом небольшом примере: 

>ENST00000511961.1|ENSG00000013561.13|OTTHUMG00000129660.5|OTTHUMT00000370661.3|RNF14-003|RNF14|278
MSSEDREAQEDELLALASIYDGDEFRKAESVQGGETRIYLDLPQNFKIFVSGNSNECLQNSGFEYTICFLPPLVLNFELPPDYPSSSPPSFTLSGKWLSPTQLSALCKHLDNLWEEHRGSVVLFAWMQFLKEETLAYLNIVSPFELKIGSQKKVQRRTAQASPNTELDFGGAAGSDVDQEEIVDERAVQDVESLSNLIQEILDFDQAQQIKCFNSKLFLCSICFCEKLGSECMYFLECRHVYCKACLKDYFEIQIRDGQVQCLNCPEPKCPSVATPGQ
>ENST00000506822.1|ENSG00000013561.13|OTTHUMG00000129660.5|OTTHUMT00000370662.1|RNF14-004|RNF14|132
MSSEDREAQEDELLALASIYDGDEFRKAESVQGGETRIYLDLPQNFKIFVSGNSNECLQNSGFEYTICFLPPLVLNFELPPDYPSSSPPSFTLSGKWLSPTQLSALCKHLDNLWEEHRGSVVLFAWMQFLKE
>ENST00000513019.1|ENSG00000013561.13|OTTHUMG00000129660.5|OTTHUMT00000370663.1|HAS-0|HAS|99
MSSEDREAQEDELLALASIYDGDEFRKAESVQGGETRIYLDLPQNFKIFVSGNSNECLQNSGFEYTICFLPPLVLNFELPPDYPSSSPPSFTLSGKWLS
>ENST00000356143.1|ENSG00000013561.13|OTTHUMG00000129660.5|-|HAS-202|HAS|474
MSSEDREAQEDELLALASIYDGDEFRKAESVQGGETRIYLDLPQNFKIFVSGNSNECLQNSGFEYTICFLPPLVLNFELPPDYPSSSPPSFTLSGKWLSPTQLSALCKHLDNLWEEHRGSVVLFAWMQFLKEETLAYLNIVSPFELKIGSQKKVQRRTAQASPNTELDFGGAAGSDVDQEEIVDERAVQDVESLSNLIQEILDFDQAQQIKCFNSKLFLCSICFCEKLGSECMYFLECRHVYCKACLKDYFEIQIRDGQVQCLNCPEPKCPSVATPGQVKELVEAELFARYDRLLLQSSLDLMADVVYCPRPCCQLPVMQEPGCTMGICSSCNFAFCTLCRLTYHGVSPCKVTAEKLMDLRNEYLQADEANKRLLDQRYGKRVIQKAL

первая строка - строка идентификатора, начинающаяся с "<", а вторая строка - последовательность символов, принадлежащихвышеуказанная идентификационная строка.при взгляде на 6-й столбец повторяются имена, а 7-й является длиной строки после идентификатора (последовательности символов).Я хочу выбрать один повтор каждой строки идентификатора в соответствии с 7-м столбцом, что означает идентификатор с самой длинной длиной.ожидаемый результат для небольшого примера будет: 

>ENST00000511961.1|ENSG00000013561.13|OTTHUMG00000129660.5|OTTHUMT00000370661.3|RNF14-003|RNF14|278
MSSEDREAQEDELLALASIYDGDEFRKAESVQGGETRIYLDLPQNFKIFVSGNSNECLQNSGFEYTICFLPPLVLNFELPPDYPSSSPPSFTLSGKWLSPTQLSALCKHLDNLWEEHRGSVVLFAWMQFLKEETLAYLNIVSPFELKIGSQKKVQRRTAQASPNTELDFGGAAGSDVDQEEIVDERAVQDVESLSNLIQEILDFDQAQQIKCFNSKLFLCSICFCEKLGSECMYFLECRHVYCKACLKDYFEIQIRDGQVQCLNCPEPKCPSVATPGQ
>ENST00000356143.1|ENSG00000013561.13|OTTHUMG00000129660.5|-|HAS-202|HAS|474
MSSEDREAQEDELLALASIYDGDEFRKAESVQGGETRIYLDLPQNFKIFVSGNSNECLQNSGFEYTICFLPPLVLNFELPPDYPSSSPPSFTLSGKWLSPTQLSALCKHLDNLWEEHRGSVVLFAWMQFLKEETLAYLNIVSPFELKIGSQKKVQRRTAQASPNTELDFGGAAGSDVDQEEIVDERAVQDVESLSNLIQEILDFDQAQQIKCFNSKLFLCSICFCEKLGSECMYFLECRHVYCKACLKDYFEIQIRDGQVQCLNCPEPKCPSVATPGQVKELVEAELFARYDRLLLQSSLDLMADVVYCPRPCCQLPVMQEPGCTMGICSSCNFAFCTLCRLTYHGVSPCKVTAEKLMDLRNEYLQADEANKRLLDQRYGKRVIQKAL

, так что есть один повтор каждой строки ID (глядя на column 6) в соответствии с длиной, равной column 7.. Я попробовал следующеекод в Python, но он не работает.ты знаешь как это исправить? 

from __future__ import print_function
import sys

def parse_fasta(data):
    name, seq = None, []
    for line in data:
        line = line.rstrip()
        if line.startswith('>'):
            if name:
                yield (name, ''.join(seq))
            name, seq = line, []
        else:
            seq.append(line)
    if name:
        yield (name, ''.join(seq))

isoforms = dict()
for defline, sequence in parse_fasta(sys.stdin):
    geneid = '.'.join(defline[1:].split('.')[:-1])
    if geneid in isoforms:
        otherdefline, othersequence = isoforms[geneid]
        if len(sequence) > len(othersequence):
            isoforms[geneid] = (defline, sequence)
    else:
        isoforms[geneid] = (defline, sequence)

for defline, sequence in isoforms.values():
    print(defline, sequence, sep='\n')

1 Ответ

0 голосов
/ 11 июня 2018

Я предлагаю вам использовать Biopython для этого, а не создавать свой собственный парсер.Примечание. Я также добавил проверку исправности (в вашем случае строка заголовка FASTA, заканчивающаяся 474, имеет последовательность длиной всего лишь 388): 

from Bio import SeqIO

def yield_records():
    seen = set()
    for record in SeqIO.parse('in.fa', 'fasta'):
        header_seq_len = int(record.description.split('|')[-1])
        seq_len = len(record)
        if header_seq_len != seq_len:
            print('Warning: the seq length {} != that stated in the header {}'
                   .format(seq_len, header_seq_len))
        if header_seq_len not in seen:
            yield record
            seen.add(header_seq_len)

SeqIO.write(yield_records(), 'out.fa', 'fasta')
...