Я пытаюсь создать скрипт на python, где пользователь может ввести свой файл FASTA, и этот файл будет затем проанализирован с помощью Biopython.Я изо всех сил пытаюсь заставить это работать.Пока что у меня есть следующий скрипт:
#!/usr/bin/python3
file_name = input("Insert full file name including the fasta extension: ")
with open(file_name, "r") as inf:
seq = inf.read()
from Bio.SeqIO.FastaIO import SimpleFastaParser
count = 0
total_len = 0
with open(inf) as in_file:
for title, seq in SimpleFastaParser(in_file):
count += 1
total_len += len(seq)
print("%i records with total sequence length %i" % (count, total_len))
Я бы хотел, чтобы пользователю было предложено ввести свой файл и его расширение, и этот файл должен использоваться для анализа с Biopython таким образом, чтобы вывод печатался,Я также хочу отправить вывод на печать в файл журнала.Любая помощь будет признательна.
Цель сценария - взять файл фаста, разобрать и обрезать праймеры.Я знаю, что есть простой способ сделать это с использованием Biopython полностью, но согласно инструкции Biopython может использоваться только для анализа, а не для обрезки.Любое понимание этого также будет оценено.