"cls" и "clear" - это команды, которые будут очищать терминал (то есть приглашение DOS или окно терминала). Из вашего скриншота вы используете оболочку в IDLE, которая не будет зависеть от таких вещей. К сожалению, я не думаю, что есть способ очистить экран в IDLE. Лучшее, что вы можете сделать, это прокрутить экран вниз по множеству строк, например:
print "\n" * 100
Хотя вы можете поместить это в функцию:
def cls(): print "\n" * 100
А затем при необходимости вызовите его как cls()