OpenMPI: сбой проверки ключа хоста в кластере SGE - PullRequest
0 голосов
/ 01 февраля 2019

Я недавно установил OpenMPI версии 2.0 на мой кластер SGE.Но когда я отправляю работу, я получаю сообщение «Проверка хоста не удалась».Даже если я могу войти в этот узел (compute10) без пароля от хоста отправки.

Ошибка в выходном файле:

Предупреждение: нет доступа к tty(Неверный дескриптор файла).Таким образом, нет контроля работы в этой оболочке.Ср 30 Янв 15:58:53 EST 2019 Не удалось проверить ключ хоста .[файл orca_main / gtoint.cpp, строка 137]: ORCA завершена из-за ошибки в ORCA_GTOInt

Мой сценарий SGE приведен ниже:

! / bin / tcsh

$ -q sge-queue @ compute10

$ -pe mpi 8

$ -V

$ -cwd

$ -jy

$ -l h_vmem = 64G

дата

setenv OMP_NUM_THREADS 8

/ home / user / orca_4_0_1_2_linux_x86-64_openmpi202 / orca ccl3.in>.out

date

И мое параллельное окружение mpi :

pe_name mpi

слотов 999

user_lists NONE

xuser_lists NONE

start_proc_args /export/sge6.2_U7/mpi/startmpi.sh -catch_rsh $ pe_hostfile

stop_proc_args /export/sge/mpi/stopmpi.sh

alloc_rule $ pe_slots

control_slaves TRUE

job_is_first_task FALSE

urgency_slots min

accounting_summary TRUE

1 Ответ

0 голосов
/ 08 февраля 2019

После различных попыток обновление OpenMPI до версии 3.1.0 и сборка с использованием приведенных ниже параметров решили проблему.

. / Configure --prefix = / usr / local --with-sge--enable-orterun-prefix-prefix-по-умолчанию

...