Возможно ли, что вы не установили папку как приложение в IIS (или на вашем веб-сервере)? Если нет, то используется код App_Code, который используется из папки parent (или следующего приложения вверх).
Убедитесь, что папка помечена как приложение и использует правильную версию ASP.NET.