Если вы используете систему контроля версий для проверки файлов, вы можете использовать инструменты контроля версий, чтобы сохранить возможность хранить различия и объединять. SVN вместе с TortoiseSVN представляется очень популярным (и открытым исходным кодом) способом сделать именно это. Существует множество примеров интеграции в IDE.
Вкладка истории в IDE также работает хорошо, если вы единственный, кто работает с файлом. В этом случае я бы установил довольно высокую историю и использовал бы мастер резервного копирования проекта GExperts для создания резервных копий "контрольной точки".
Фантастическая утилита diff / merge для Windows, которую я настоятельно рекомендую, - Beyond Compare , которая также написана на Delphi. :)