Эта проблема может возникать из-за некоторых других настроек, которые вы добавили сами, из-за неправильных настроек, настроек вашей основной темы или какого-либо стороннего плагина.
Что-то еще меняет ваши категории продуктовЦикл, поскольку ваш код правильно позволяет отображать пустые подкатегории продуктов в Woocommerce, и это правильный выбор.
Это можно упростить и с помощью этой простой строки кода:
add_filter( 'woocommerce_product_subcategories_hide_empty', '__return_false' );
Код помещается в файл function.php вашей активной дочерней темы (или активной темы).Проверено и работает.