Вот пример того, как удалить ребра между вершинами с нулевым сходством jaccard:
library(igraph)
g <- make_ring(5) + edges(4,1,2,2)
par(mfrow = c(1,2))
plot(g)
(s <- similarity(g, method = "jaccard"))
idx <- which(s == 0, arr.ind = T)
g2 <- g - edges(as.vector(t(idx)))
plot(g2)