У меня есть объект graphml, который я создал в R (из-за преобразования атрибута имени гена) и экспортировал его как объект graphml.
Я прочитал его с igraph, но с именами (они были в формате GeneSymbol, например «UCP1»), и я вижу их, когда открываю graphml в редакторе Spyder.
После импорта graphml я не могу получить доступ к именам узлов. Кроме того, когда я конвертирую объект igraph в networkx с помощью:
g1 = cdlib.utils.convert_graph_formats(g , desired_format = nx.Graph)
и проверяю узлы с помощью
g1.nodes()
, я вижу только числовые идентификаторы. Я не могу найти имена узлов.
Файлы GraphML содержат такую информацию об узлах:
key id="v_name" for="node" attr.name="name" attr.type="string"/> key id="e_weight" for="edge" attr.name="weight" attr.type="double"/> graph id="G" edgedefault="undirected"> node id="n0"> data key="v_name">CTDNEP1</data>
Если кто-то может мне помочь, я был бы очень благодарен. Заранее спасибо