Как добавить (многостраничный) PDF в rmarkdown?

Question

Рассмотрим этот простой пример.

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(tidyr)

mydata <- data_frame(group = c('a', 'a', 'a', 'b', 'b', 'b'),
                     x = c(1,2,3,5,6,7),
                     y = c(3,5,6,4,3,2))

mydata2 <- mydata %>% group_by(group) %>% 
  nest() %>% 
  mutate(myplot = map(data, ~ggplot(data = .x, aes(x = x, y = x)) + geom_point()))

pdf("P://mychart.pdf")
print(mydata2$myplot)
dev.off()

Приведенный выше код выведет PDF-файл с двумя страницами.Как я могу показать эти две страницы в моем rmarkdown документе?

Использование

---
title: "crazy test"
output:
  pdf_document
---

```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.pos = 'h')
```


ttt

## this is a test!!

```{r label, out.width = "85%", fig.cap = "caption"}
knitr::include_graphics(path = "P://mychart.pdf")
```

покажет только первую страницу pdf!Где находится другой график?: (

Есть идеи?

Спасибо!

Answer 1

Можно использовать pdfpages для включения нескольких страниц из файла PDF одновременно.Тем не менее, они включены на отдельных страницах.Хотя можно добавлять номера страниц, вы не можете легко поместить эти изображения в среду figure.К счастью, \includegraphics имеет возможность использовать отдельные страницы из PDF.К сожалению, knitr::include_graphics не позволяет передавать дополнительные аргументы в \includegraphics.

Здесь обе возможности:

---
title: "crazy test"
output:
  pdf_document
header-includes:
  - \usepackage{pdfpages}
---

```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.pos = 'h')
```


```{r, include=FALSE}
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(tidyr)
library(purrr)

mydata <- data_frame(group = c('a', 'a', 'a', 'b', 'b', 'b'),
                     x = c(1,2,3,5,6,7),
                     y = c(3,5,6,4,3,2))

mydata2 <- mydata %>% group_by(group) %>% 
  nest() %>% 
  mutate(myplot = map(data, ~ggplot(data = .x, aes(x = x, y = x)) + geom_point()))

pdf("mychart.pdf")
print(mydata2$myplot)
dev.off()
```


## this is a test!!

Only first page

```{r label, out.width = "85%", fig.cap = "caption"}
knitr::include_graphics(path = "mychart.pdf")
```

All pages but w/o caption and taking a full page

\includepdf[pages=-,nup=2,pagecommand={}]{mychart.pdf}

Alternative, using explicit LaTeX commands.

\begin{figure}
\includegraphics[page=1,width=0.5\linewidth]{mychart.pdf}
\includegraphics[page=2,width=0.5\linewidth]{mychart.pdf}
\caption{\label{fig:test} Test.}
\end{figure}

Можно также поместить их в блок R с помощью cat() и result = 'asis'.Однако параметры для настройки заголовка и т. Д. По-прежнему не используются.

Answer 2

Вот решение Rmd с помощью staplr.Обратите внимание, что вам нужно установить pdftk для работы split_pdf

---
title: "crazy test"
output:
  pdf_document
---

```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.pos = 'h')
```

## Split pdf

```{r}
staplr::split_pdf("mychart.pdf", output_directory = ".", prefix = "mychart_")
```

## Add pdfs

```{r label, out.width = "85%", fig.cap = c("caption 1", "caption 2"), echo = FALSE}
flist <- list.files()
mychart_files <- flist[grep("mychart_", flist)]
knitr::include_graphics(mychart_files)
```

Кроме того, графические элементы не работают в цикле.Но он принимает несколько путей, так что это хорошо работает.