Проблема возникла из-за сравнения двух разных типов данных, Date и POSIXct.
Я решил проблему, найдя индексы строк, которые идут после этой даты, а затем исключил их из набора данных:
evaluation_date <- "2018-09-24"
indexes_removed <- which(as.numeric(as.Date(index(ts1))) > as.numeric(as.Date(evaluation_date)))
ts1 <- ts1[[-indexes_removed]