Есть много подобных вопросов и много ответов, но, возможно, эти 2 варианта могут помочь.
library(raster)
## Create random raster
spg <- data.frame( x = rep( 0:1, each=2 ),
y = rep( 0:1, 2),
l = c(0.8,1,1.1,100));
coordinates(spg) <- ~ x + y
gridded(spg) <- TRUE
rasterDF <- raster(spg)
## Assign values, based on your condition
values(rasterDF) <- as.numeric(values(rasterDF) >= 1)
## Create a Color Function
cpal <- colorRampPalette(c("red", "blue"))
## Plot with raster-package
plot(rasterDF, col=cpal(2))
## Plot with rasterVis package
library(rasterVis)
r2 <- ratify(rasterDF)
levelplot(r2, col.regions=cpal, att='ID')