Не знаю о параметрах профилировщика для службы приложений.
Один из возможных способов - попытаться смоделировать нагрузку локально, а затем профилировать (с помощью профилировщика из Visual Studio или dotTrace из JetBrains).
Если сложно смоделировать нагрузку, то, возможно, настройте одну виртуальную машину с одним и тем же веб-сайтом и распределите некоторый трафик с помощью Traffic Manager.Затем снова используйте профилировщик.
Application Insights Service Profiler больше подходит для профилирования задержек (например, какие зависимости заняли больше времени или был ли код заблокирован на каком-либо мьютексе), чем ЦП.Профилирование процессора - это совсем другое дело, включая информацию о том, как работает сборщик мусора и т. Д.