Рекомендуемый способ ссылаться на эти пакеты в таких ситуациях - ссылаться на метапакет приложения без версии в вашем веб-проекте:
<PackageReference Include="Microsoft.AspNetCore.App" />
А в проектах библиотеки вы должны ссылаться только на младшую версию суровень исправления 0:
<PackageReference Include="Microsoft.EntityFrameworkCore" Version="2.1.0" />
При ссылке на этот проект общая инфраструктура автоматически переводит ссылку EF Core на текущую версию установленной среды выполнения .NET Core.
Есливы не можете понизить версию EF Core в этом библиотечном проекте. Лучшим решением, вероятно, было бы обновить ваш .NET Core SDK / runtime до 2.1.4, чтобы в любом случае запустить последнюю версию, содержащую EF Core 2.1.3.