Я пытаюсь оценить различия в средних показателях для двух больниц, A и B. В каждой больнице есть разные «группы», и я дал им группы 1 и 2 в смоделированном наборе данных.То есть я хочу проверить разницу в средних показателях между больницей A и B в группе 1 и группе 2, и, кроме того, у меня есть более одной переменной (например, value1 и value2).Поэтому я должен проверить значение 1 между больницами А и В в группах 1 и 2. Несмотря на то, что в конце вызова я указываю метод = 1, я получаю третий метод (остальная часть).Я использую пакет infer для начальной загрузки (часть tidyverse или tidymodels).
library(tidyverse)
library(lubridate)
library(readxl)
library(infer)
library(stringr)
library(rlang)
set.seed(1)
A <-data.frame(value1=rnorm(n = 1000, mean = 0.8, sd = 0.2), value2= rnorm(n=10 ,mean=1, sd=0.3))
A$hosp <- "A"
A$group <- sample(1:2,nrow(A) , replace=T)
B= data.frame(value1 = rnorm(n=1200, mean =1 , sd = 0.2), value2= rnorm(n=15, mean=1.1, sd=0.4))
B$hosp <- "B"
B$group <- sample(1:2,nrow(B) , replace=T)
forskel <- bind_rows(A, B) %>%
group_by(group) %>%
nest()
rm(A, B)
Пыльник - моя функция.
bootloop <- function(dataset, procestid, method, reps = 4, alpha = 0.05) {
procestid <- enquo(procestid)
diff_mean <- dataset %>%
mutate(diff_means = map(data, function(.x){.x %>%
group_by(hosp) %>%
summarise(mean(!!procestid, na.rm=TRUE)) %>%
pull() %>%
diff() })) %>%
select(-data)
bootstrap <- dataset %>%
mutate(distribution =map(data, function(.x){ .x %>%
specify(as.formula(paste0(quo_name(procestid), "~ hosp")) ) %>%
generate(reps = reps, type = "bootstrap") %>%
calculate(stat = "diff in means", order = c( "A", "B"))} )) %>%
inner_join(diff_mean, by="group")
if (method==1) {
bootstrap2 <- bootstrap %>% mutate(Bias_Corrected_KI=map2(distribution, diff_means, function(.x, .y){ .x %>%
summarise( l =quantile(.x$stat,pnorm(2*qnorm(sum(.x$stat >= .y)/reps) + qnorm(alpha/2))),
u= quantile(.x$stat,pnorm(2*qnorm(sum(.x$stat >= .y)/reps) + qnorm(1-alpha/2))) )})) }
if (method==2) {
bootstrap2 <- bootstrap %>% mutate(Percentile_KI = map(distribution, function(.x){.x %>%
summarize(l = quantile(stat, alpha/2),
u = quantile(stat, 1 - alpha/2))})) }
else {
bootstrap2 <- bootstrap %>% mutate(SD_KI =map2(distribution, diff_means, function(.x,.y){.x %>%
get_confidence_interval(level = (1 - alpha), type="se", point_estimate = .y)}))
}
return(bootstrap2)
}
procestimes <- list("value1", "value2")
a <- map(syms(procestimes), bootloop , dataset=forskel, method=1 , reps=1000)
a
Несмотря на то, что я указываю метод = 1 в вызове, я получаю третью форму доверительного интервала в операторе else.
[[1]]
# A tibble: 2 x 5
group data distribution diff_means SD_KI
<int> <list> <list> <list> <list>
1 1 <tibble [1,086 x 3]> <tibble [1,000 x 2]> <dbl [1]> <tibble [1 x 2]>
2 2 <tibble [1,114 x 3]> <tibble [1,000 x 2]> <dbl [1]> <tibble [1 x 2]>
[[2]]
# A tibble: 2 x 5
group data distribution diff_means SD_KI
<int> <list> <list> <list> <list>
1 1 <tibble [1,086 x 3]> <tibble [1,000 x 2]> <dbl [1]> <tibble [1 x 2]>
2 2 <tibble [1,114 x 3]> <tibble [1,000 x 2]> <dbl [1]> <tibble [1 x 2]>