Выходя из записи в Википедии для неплотного релея, вы сможете сделать это с помощью простой маскирующей функции.
output = np.where(arr > 0, arr, arr * 0.01)
Где бы вы ни находились выше 0, вы сохраняете значение, а где-то еще вы заменяете егос обр. * 0,01.