У меня есть виртуальная среда, созданная специально для работы с ноутбуками Jupyter.Когда я активирую его и открываю R, чтобы позвонить:
library("biomaRt")
mart <- useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
results <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "go_id"),filters = c("ensembl_gene_id") , values = c("ENSG00000108654"), mart = mart)
Все работает отлично, а переменная results содержит хороший фрейм данных.
Теперь я открываю блокнот jupyter, выполняю
import rpy2.rinterface
%load_ext rpy2.ipython
и в другой ячейке:
%%R
library("biomaRt")
mart <- useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl
Тогда я получаю хороший объект R.До этого момента все хорошо.Всякий раз, когда я пытаюсь добавить существенную строку в конце этой ячейки:
results <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "go_id"),filters = c("refseq_mrna") , values = c("NM_030621"), mart = mart)
я получаю сообщение об ошибке:
Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Failed initialization
Я очень растерялся, так как считаю, что использую то же самоеПереводчик R в обоих случаях.sessionInfo ():
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)
Matrix products: default
BLAS: ...../jupyter_notebook_env/lib/R/lib/libRblas.so
LAPACK: ...../jupyter_notebook_conda_env/jupyter_notebook_env/lib/R/lib/libRlapack.so
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] biomaRt_2.38.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.0 AnnotationDbi_1.44.0 magrittr_1.5
[4] BiocGenerics_0.28.0 hms_0.4.2 progress_1.2.0
[7] IRanges_2.16.0 bit_1.1-14 R6_2.3.0
[10] rlang_0.3.0.1 httr_1.3.1 stringr_1.3.1
[13] blob_1.1.1 tools_3.5.1 parallel_3.5.1
[16] Biobase_2.42.0 DBI_1.0.0 bit64_0.9-7
[19] digest_0.6.18 assertthat_0.2.0 crayon_1.3.4
[22] S4Vectors_0.20.1 bitops_1.0-6 curl_3.2
[25] RCurl_1.95-4.11 memoise_1.1.0 RSQLite_2.1.1
[28] stringi_1.2.4 compiler_3.5.1 prettyunits_1.0.2
[31] stats4_3.5.1 XML_3.98-1.16 pkgconfig_2.0.2
EDIT: виртуальная среда создается conda на основе файла yaml с указанными пакетами из облака anaconda.