В системе Unix я обычно собираю очень большие (> 1 КБ файлы) наборы файлов (обычно это файлы данных, которые генерируются откуда-то) в отдельных подкаталогах, обычно на основе схемы именования, полученной из самих имен файлов (таких как / 2 /25/257689.xml), поскольку существуют общие проблемы управления с одним каталогом, содержащим десятки тысяч файлов (например, простой «ls» может занять много минут), а также некоторые проблемы, внутренние для файловой системы, которые могут ухудшить производительность.
Но если веб-приложение имеет доступ не более чем к нескольким сотням файлов из каталога htdocs, никакого существенного влияния на производительность не наблюдается. Если в php движке нет какой-то ужасно плохой архитектуры.