R: функция автозапуска SSasymp с известным параметром? - PullRequest
Новая
       8

R: функция автозапуска SSasymp с известным параметром?

0 голосов
/ 26 сентября 2018

Я хочу разместить асимптотическую модель следующим образом:

y (x) = Asym + (R0 - Asym) * exp (-exp (lrc) * x)

Модельможет быть установлен в R с помощью функции nls (): 

y <- c(22.180,21.941,21.786,21.724,20.964,19.128,18.371,17.508,16.931)
x <- c(1,3,5,9,18,36,72,144,288)

nls(y ~ SSasymp(x, Asym, R0, lrc))

Однако, если я знаю значение R0 (например, R0 = 25), то как мне установить эту модель с функцией самозапускаSSasymp

1 Ответ

0 голосов
/ 26 сентября 2018

Существует возможность явного указания функции модели, а затем подгонки модели с использованием разумных начальных значений: 

f <- function(x, Asym, lrc, R0 = 25)
    Asym + (R0 - Asym) * exp(-exp(lrc) * x)
nls(
    y ~ f(x, Asym, lrc),
    data = data.frame(x, y),
    start = list(Asym = 15, lrc = -3))
#Nonlinear regression model
#  model: y ~ f(x, Asym, lrc)
#   data: data.frame(x, y)
#  Asym    lrc
#17.965 -2.526
# residual sum-of-squares: 12.32
#
#Number of iterations to convergence: 16
#Achieved convergence tolerance: 5.565e-06

Одним из способов выбора разумных начальных значений является использование оценок для Asym и * 1005.* из непринужденной посадки nls(y ~ SSasymp(x, Asym, R0, lrc)).

Так, например: 

# Unconstrained fit
fit <- nls(y ~ SSasymp(x, Asym, R0, lrc))
coef(fit)
#Asym        R0       lrc
#17.057226 22.361817 -3.877708

# Constrained fit with R0 = 25 and starting values from fit
nls(
    y ~ f(x, Asym, lrc),
    data = data.frame(x, y),
    start = as.list(coef(fit)[c(1, 3)]))
...